Июнь в Эль Калафате — самый снежный и пасмурный месяц в году. В июне климат в Эль Калафате можно охарактеризовать как холодный. Средняя температура днём в июне 1 градус тепла. В среднем в июне в Эль Калафате 11 пасмурных, 10 с переменной облачностью, 5 ясных, 3 дождливых и 1 день со снегом. Дожди преимущественно слабые. В июне, а также в апреле, мае, июле и августе Эль Калафате cчитается местом, некомфортным для посещения.