В сентябре климат в Балыктах можно охарактеризовать как теплый. Средняя температура днём в сентябре 23 градуса тепла. В среднем в сентябре в Балыктах 30 ясных дней. В сентябре, а также в мае Балыкты cчитается местом, комфортным для посещения.