На территории монастыря с первых лет его существования находилось кладбище. Перед октябрьским переворотом здесь было 7 участков для захоронений. То, что на нынешней территории монастыря, назвали "нижним некрополем", оно в основном предназначалось для мирян. Нижнее кладбище занимало 100 саженей длины и 60 ширины, было обсажено кустами и деревьями. Здесь поддерживалась идеальная чистота. Южной стороной кладбище выходило к ул. Александровской (ныне Вилоновская). К моменту разорения обители некрополь насчитывал около 700 захоронений. Среди покоящихся здесь были Пётр Васильевич Алабин с женой, сыном и дочерьми, архитектор-градостроитель Самары А.А. Щербачёв, герой обороны Севастополя генерал И. Голев, князь Л. Кугушев, внуки декабриста Анненкова, граф Н.А. Толстой (отец писателя А.Н. Толстого) и многие другие видные общественные деятели.